Pangunahing Pagkakaiba - PCR vs QPCR

Ang PCR (reaksyon ng polymerase chain) at qPCR (dami ng PCR) ay dalawang pamamaraan na ginamit sa biotechnology upang palakasin ang DNA para sa iba`t ibang layunin. Ang PCR ay isang simpleng pamamaraan. Ang qPCR ay kilala rin bilang real-time na PCR o digital PCR. Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng PCR at qPCR ay iyan Ang PCR ay isang husay na pamamaraan samantalang ang qPCR ay isang diskarte sa dami. Pinapayagan ng PCR na basahin ang resulta bilang "pagkakaroon o kawalan '. Ngunit sa qPCR, ang dami ng pinalakas na DNA sa bawat siklo ay nabibilang. Kung ang RNA ay ginagamit sa PCR, ang pamamaraan ay kilala bilang RT-PCR (reverse transcription PCR), at kung ang RNA ay ginagamit sa qPCR, ang pamamaraan ay kilala bilang qRT-PC.

Saklaw ng Mga Susing Lugar

1. Ano ang PCR - Kahulugan, Mga Proseso, Gumagamit 2. Ano ang QPCR - Kahulugan, Mga Proseso, Gumagamit 3. Ano ang Mga Pagkakatulad sa Pagitan ng PCR at QPCR - Balangkas ng Mga Karaniwang Tampok 4. Ano ang Pagkakaiba sa Pagitan ng PCR at QPCR - Paghahambing ng Mga Pangunahing Pagkakaiba

Pangunahing Mga Tuntunin: Agarose Gel Electrophoresis, Amplicons, DNA polymerase, Fluorescent Dye, PCR, Probes, qPCR, RT-qPCR

Ano ang PCR

Ang PCR ay tumutukoy sa isang pamamaraan sa biotechnology na nagpapahintulot sa pagsusuri ng isang maikling pagkakasunud-sunod ng DNA sa pamamagitan ng pagpapalaki ng isang napiling segment ng DNA. Ito ay medyo isang sensitibong pamamaraan dahil ang napakaliit na dami ay kinakailangan ng isang solong reaksyon. Ang pamamaraan ay batay sa kakayahan ng DNA polymerase na synthesize ng mga bagong hibla ng DNA sa inaalok na strand ng template sa isang pantulong na pamamaraan. Ang pinaghalong reaksyon ng PCR ay binubuo ng DNA polymerase, DNA nucleotides, primers, ang template ng DNA na pinalalakas, at magnesiyo. Isinasagawa ang amplification sa loob ng isang thermocycler. Ang DNA polymerase ay dapat na lumalaban sa init dahil ang mataas na temperatura ay ginagamit sa reaksyong ito. Ang dalawang uri ng DNA polymerases na ginamit sa PCR ay Taq DNA polymerase at Pfu DNA polymerase. Ang Taq DNA polymerase ay malawakang ginagamit sa PCR.

Ang DNA polymerase ay nangangailangan ng isang paunang mayroon ng DNA strand sa dulo ng 3 ′ upang ma-synthesize ang isang bagong hibla. Samakatuwid, isang oligonucleotide primer ay idinagdag sa pinaghalong reaksyon para sa pagsisimula ng pagbubuo ng DNA. Ang kinakailangan ng isang panimulang aklat sa PCR ay nagbibigay-daan sa pagpapalaki lamang ng isang tukoy na rehiyon sa template. Ang pagkakasunud-sunod ng target ay flanked ng pasulong at baligtarin ang mga primer. Sa pagtatapos ng isang PCR, mga bagong kopya ng isang tukoy na pagkakasunud-sunod ng DNA, na kung tawagin ay mga amplicon, naipon ng bilyun-bilyon. Ang mga bahagi ng PCR ay dapat na na-optimize sa isang paraan upang mapabuti ang pagganap ng PCR habang pinapaliit ang pagkabigo. Ang karaniwang reaksyon ng PCR ay ipinapakita sa pigura 1.

Larawan 1: PCR

Mga hakbang ng PCR

Ang tatlong mga hakbang ng isang PCR ay inilarawan sa ibaba.

1. Denaturation - Ang dobleng straced na template ng DNA ay pinaghiwalay sa dalawang solong mga hibla sa pamamagitan ng pag-init sa 94-95 ° C.
2. Annealing - Ipasa at baligtarin ang mga primer ay nagbubuklod sa mga pantulong na pagkakasunud-sunod sa template. Ang temperatura ay nakasalalay sa temperatura ng pagkatunaw ng kombinasyon ng panimulang aklat.
3. Panimulang extension - Ang DNA polymerase enzyme ay nagpapalawak ng bawat panimulang aklat sa kanilang 3'end sa pamamagitan ng pagdaragdag ng mga pantulong na base sa lumalaking strand. Ang pinakamainam na temperatura ng Taq polymerase, ibig sabihin, 72 ° C, ay ginagamit bilang temperatura sa hakbang ng extension. Ang oras ng extension ay nakasalalay sa bilang ng mga pares ng base sa strand ng template.

Ang tatlong mga hakbang ay paulit-ulit para sa 28-35 beses. Ang Agarose gel electrophoresis ay ginagamit sa laki ng maliit na bahagi ng mga produkto ng PCR. Ang produkto ay nabahiran ng ethidium bromide at sinusunod sa ilalim ng UV. Ang produktong PCR o ang pinalakas na DNA ay maaaring magamit sa pag-clone, pagkakasunud-sunod o pag-genotyping.

Ano ang QPCR

Ang QPCR ay tumutukoy sa isang diskarte sa biotechnology na nagpapahintulot sa pagtuklas, paglalarawan, at dami ng mga nucleic acid para sa iba`t ibang mga aplikasyon. Samakatuwid, ito ay isang uri ng dami ng PCR. Ang parehong DNA at RNA ay maaaring magamit bilang qPCR. Kung ang RNA ay ginamit bilang template, dapat itong unang baligtarin na transcript sa cDNA. Kaya, ang ganitong uri ng qPCR ay kilala bilang RT-qPCR. Isinasagawa ang tradisyunal na PCR para sa cDNA o karaniwang sample ng DNA. Gayunpaman, sa qPCR, ang mga fluorescent dyes ay ginagamit upang lagyan ng label ang produktong PCR sa bawat hakbang ng cycle ng PCR. Pinapayagan nito ang koleksyon ng data habang umuunlad ang PCR, na pinapayagan ang dami ng mga amplicon sa panahon ng exponential phase ng PCR. Ang pangunahing uri ng tinain na ginamit sa qPCR ay SYBR Green. Ang tinain ay nagbubuklod sa dobleng-straced na DNA. Tulad ng pagtaas ng fluorescent sa proporsyonal sa dami ng pinalakas na DNA, ang dami ay maaaring gawin sa "real time". Ang pangunahing kawalan ng paggamit ng tinain ay pinapayagan ang dami ng isang tiyak na produkto sa sample. Bilang karagdagan sa mga tina, ang mga probe ay maaari ding gamitin sa proseso ng pagsukat. Ang TaqMan probes ay isa sa mga pangunahing uri ng oligonucleotide probes na ginamit sa qPCR, at ang proseso ng paglabas ng fluorescence ay ipinapakita sa pigura 2.

Larawan 2: Proyekto ng TaqMan

Ang mga probe ay maaaring idisenyo sa isang paraan upang makita ang maraming mga produkto ng PCR sa loob ng parehong sample. Ang TaqMan probe ay isa sa mga pangunahing uri ng mga hydrolysis probe; ang pagsasama ng probe na ito sa produktong PCR ay inilalantad ang fluorophore, na nagpapalabas ng fluorescence. Ang mga fluorescent na tina ay mas tiyak sa produktong PCR. Samakatuwid, ginagamit ang mga ito sa karamihan ng mga pagsusuri sa diagnostic upang makita ang produktong PCR.

Mga pagkakatulad sa pagitan ng PCR at QPCR

Pagkakaiba sa pagitan ng PCR at QPCR

Kahulugan

PCR: Ang PCR ay isang pamamaraan sa biotechnology na nagpapahintulot sa pagsusuri ng isang maikling pagkakasunud-sunod ng DNA sa pamamagitan ng pagpapalaki ng isang napiling segment ng DNA.

QPCR: Ang QPCR ay isang diskarte sa biotechnology na nagpapahintulot sa pagtuklas, paglalarawan, at dami ng mga nucleic acid para sa iba`t ibang mga aplikasyon.

Dami / Kwalitatibo

PCR: Ang PCR ay diskarte sa husay.

QPCR: Ang QPCR ay isang diskarteng dami.

Pagtuklas ng Produkto

PCR: Ang produkto ay napansin ng agarose gel electrophoresis sa PCR.

QPCR: Ang produkto ay maaaring napansin sa bawat siklo ng amplification sa qPCR.

Koleksyon ng Data

PCR: Ang data ay nakolekta sa pagtatapos ng reaksyon sa PCR.

QPCR: Ang data ay nakolekta sa panahon ng exponential phase ng reaksyon sa qPCR.

Resolusyon

PCR: Ang PCR ay may napakahirap na resolusyon.

QPCR: Ang QPCR ay may napakataas na resolusyon.

Mga tina

PCR: Gumagamit ang PCR ng ethidium bromide upang mantsahan ang produkto sa panahon ng PCR.

QPCR: Gumagamit ang QPCR ng mga fluorescent dyes upang makita ang produkto.

Oras

PCR: Ang PCR ay isang mas matagal na pamamaraan.

QPCR: Ang QPCR ay mas kaunting oras.

RNA

PCR: Ang RT-PCR ay ang uri ng PCR na gumagamit ng RNA bilang template.

QPCR: Ang RT-qPCR ay ang uri ng qPCR na gumagamit ng RNA bilang template.

Papel

PCR: Ginagamit ang PCR upang makita ang pagkakaroon o kawalan ng ilang mga fragment ng genomic.

QPCR: Ginagamit ang QPCR upang sukatin ang isang partikular na fragment sa isang sample.

Konklusyon

Ang PCR at qPCR ay dalawang uri ng mga diskarte na ginamit sa biotechnology upang palakasin ang DNA para sa iba`t ibang layunin. Ang PCR ay ang tradisyonal na pamamaraang pagpapalaki na ginagamit upang makilala ang pagkakaroon o kawalan ng isang fragment ng DNA. Ginagamit ang QPCR upang sukatin ang isang partikular na fragment sa isang sample. Samakatuwid, ang PCR ay isang husay na diskarte samantalang ang qPCR ay isang diskarte sa dami. Ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng PCR at qPCR.

Sanggunian:

1. "QPCR kumpara sa Digital PCR kumpara sa Tradisyonal na PCR." Thermo Fisher Scientific, Magagamit dito.

Kagandahang-loob ng Larawan:

1. "PCR" Ni Madprime - Sariling gawain (CC BY-SA 3.0) sa pamamagitan ng Wikimedia Wikimedia2. "Taqman" Ni Gumagamit: Braindamaged - Sariling gawain ng orihinal na uploader (Public Domain) sa pamamagitan ng Wikimedia Wikimedia